磁共振检查属于一种无创性检查方式，可以随意选择扫描平面，软组织对比度较好。因此广泛应用于诊断肌肉、骨骼系统疾病，对骨关节及软组织病变存在较高诊断价值。MR适用于肌肉骨骼系统的良恶性肿瘤的鉴别诊断，能够清晰显示病变范围与周围组织关系，为临床医生在治疗前制定治疗方案，治疗后进行预后评估提供影像依据。
另外对于退行性踝关节、膝关节和髋关节，磁共振能够显示关节形态、关节间隙、肌肉、肌腱、韧带、滑膜等解剖结构。对这些结构的病理变化能够清晰显示，存在外伤史或年龄较大存在退行性骨关节炎患者如果考虑存在韧带、肌腱、半月板及关节软骨损伤时进行MR检查较为必要，例如膝关节MR检查可以非常直观看到关节腔内有无积液，有无关节游离体、前后交叉韧带及内外侧副韧带走形，有无撕裂，半月板有无损伤或撕裂。还可以通过半月板影像表现对其损伤程度进行分级，为临床提供手术指征。MR检查对股骨头坏死存在较高敏感性，可以早期发现股骨头坏死，使患者能够早发现、早治疗，使患者预后良好。